Elena Agazzi si è laureata in Filosofia nel 1985 presso l'Università degli Studi di Pavia e in questa stessa sede universitaria ha conseguito nel 1989 una seconda laurea in Lingue e letterature straniere. Ha vinto per concorso nazionale una cattedra di professore associato in lingua e letteratura tedesca nel 1992, iniziando la propria attività d'insegnamento nello stesso anno presso l'Università degli Studi di Bergamo. E' stata membro del Senato Accademico per tre anni in questo ruolo, ha coordinato per sei anni l'attività di Orientamento della Facoltà di Lingue e per cinque le attività ERASMUS di Facoltà. Dal 2002 è Professore Ordinario presso questa stessa Università.
È stata Visiting Professor presso l'Università di Mannheim e ha tenuto periodicamente seminari in Germania presso l'Università di Göttingen. Ha conseguito borse di studio del DAAD in collaborazione con il Ministero degli Affari Esteri a Berlino nel 1988-1989, dello Schiller-Archiv di Marbach nel 1990, della Herzog August-Bibliothek di Wolfebüttel nel 1997, e dal 1996 è diventata Fellow della Alexander von Humboldt-Stiftung; ha ottenuto grazie alla Alexander von Humboldt una borsa di studio di sei mesi presso la cattedra di letteratura tedesca di Würzburg nel 1996, successivamente, sempre a Würzburg, per tre mesi nel 1998, a Berlino, per due trimestri, nel 2000, nel 2002 e per sei mesi a Göttingen nel 2006 e ancora per un trimestre a Berlino nel 2009. E' stata Senjor Fellow nel luglio 2015 della Herzog August Bibliothek di Wolfenbüttel . Maggio-Giugno 2017: Senior Fellowship/ Pogwischhaus Stipendium an der Stiftung Weimarer Klassik. Gennaio 2018: Visiting Professor an der FU (Dahlem Institute) su invito della Prof. Dr. Anita Traninger. Tra Aprile e Maggio 2019 Visiting Professor presso il Centro di Studi sull'Illuminismo IZEA a Halle an der Saale (D) su invito del Direttore, Prof. Dr. Daniel Fulda.
Tra il 2006 e il 2007 è stata coordinatrice della sede universitaria di Bergamo per la rete tematica europea di studi ACUME diretta da Vita Fortunati (Università degli Studi di Bologna) sul tema: Cultural Memories in European Countries. Fra il 2007 e il 2009 è stata coordinatrice della sede universitaria di Bergamo per la rete tematica europea di studi ACUME2 diretta da Vita Fortunati (Università degli Studi di Bologna) sul tema: Interfacing Sciences and Humanities. Progetto locale: Il paradigma della luce nelle letterature europee, nella cultura visuale e nelle scienze. Dal 2008 al 2009 è stata responsabile con Erhard Schütz (Humboldt-Universität zu Berlin) del Vigoni Projekt (progetto biennale MIUR in cooperazione con l'Ateneo Italo-Tedesco e il DAAD) sul tema 1945-1961. Kultur im Wiederaufbau-Wiederaufbau der Kultur in fiktionaler Literatur, Sachbuch und Film.
Membro cooptato del consiglio scientifico della Società Italiana di Studi per il secolo XVIII e della Deutsche Gesellschaft für die Erforschung des 18. Jahrhundert. Membro del Direttivo di Villa Vigoni. Centro italo-tedesco di Loveno di Menaggio (periodo 2010-2018). Membro della Winckelmann- e della Broch-Gesellschaft. Membro dell'Humboldt Kolleg italiano. Dal 2009 è socia corrispondente residente dell’Istituto Lombardo. Accademia di Scienze e Lettere di Brera e dal 2017 eletta membro effettivo dell'Istituto Lombardo.
Per il triennio 2016-2019 è stata Presidente della Associazione Italiana di Germanistica. Per il periodo 2010-2015, con rinnovo della carica fino al 2025, è rappresentante per l’Italia della IVG (Internationale Vereinigung für Germanistik).
Membro del comitato scientifico delle riviste Germanistik, Comparatio, Trame, Arbitrium, Monatshefte, Links; dal 2011 del comitato scientifico internazionale della rivista Gegenwartsliteratur. Dirige la collana “Le Carte Tedesche” (Pasian di Prato, Campanotto) e con Vita Fortunati la collana “Interfacing Science, Literature and the Humanities” (Vandenhoeck & Ruprecht-Unipress, Göttingen).
Suo campo di studio sono la letteratura tedesca dell'età classico-romantica, la letteratura e la cultura tedesca della contemporaneità in relazione ai temi della memoria culturale, la cultura della Shoah e del Dopoguerra con punti di forza sulla questione della Heimkehr e del dibattito transgenerazionale.
Insegna nella Scuola di Dottorato SUT (Studi umanistici transculturali) dell'Universitä degli Studi di Bergamo e fa parte dei docenti del PHDNet "Literary and Cultural Studies", consorziato con Giessen, Graz, Lisbona, Warwick, Helsinki e Stockholm.
Ha tradotto tra l'altro opera di Herder, Wackenroder, Fr. Schlegel, Goethe, Döblin, Benn, Aichinger. Fra le sue pubblicazioni: Il prisma di Goethe. Letteratura e scienza nell’età classico-romantica (Neaples: Guida, 1996), Il corpo conteso. Rito e gestualità nella Germania del Settecento (Milano: Jaca Book, 2000), La memoria ritrovata. Tre generazioni di scrittori tedeschi e la coscienza inquieta di fine Novecento (Milano: Bruno Mondadori, 2003) apparso in Germania nel 2005 per l’editore Vandenhoeck & Ruprecht con il titolo Erinnerte und rekonstruierte Geschichte. Drei Generationen deutscher Schriftsteller und die Fragen der Vergangenheit. Ha curato fra l’altro con Vita Fortunati, Memoria e saperi. Percorsi transdisciplinari (Roma: Meltemi, 2007), con Gilbert Hess e Elisabeth Décultot, Graecomania. Der europäische Philhellenismus (Berlin: De Gruyter, 2009), con Enrico Giannetto e Franco Giudice, Representing Light across Arts and Sciences. Theories and Practices (Göttingen: V&R Unipress, 2010), con Erhard Schütz, Heimkehr. Eine zentrale Kategorie der Nachkriegszeit. Geschichte, Literatur und Medien, Duncker & Humblot, Berlin 2010. Tra i suoi libri: La grammatica del silenzio di W.G. Sebald (Roma: Artemide, 2007) e Berlino. Piccolo manuale di viabilità letteraria (Milano: Unicopli, 2009), W.G. Sebald: in difesa dell'uomo (Le Lettere, Firenze 2012).Ha pubblicato inoltre con Guglielmo Gabbiadini e Paul Michael Lützeler, Hermann Brochs Vergil – Roman: Literarischer Intertext und kulturelle Konstellation, Tübingen, Stauffenburg 2016. Sono usciti inoltre tre volumi di CULTURA TEDESCA, curati con Raul Calzoni: Progetti culturali di fine Settecento fra tardo Illuminismo e Frühromantik, Milano: Mimesis, 2016 (n. 50, 1/2016); Distorsioni percettive nella “Moderne”, Milano: Mimesis, 2018 (n. 55, 2/2018); Günter Grass , Milano, Mimesis, 2023 ( n. 66, 2/2023).
Per la collana del pensiero Occidentale di Bompiani ha partecipato all'edizione dell'Athenaeum di Friedrich e Wilhelm Schlegel (2009), a cura di Giorgio Cusatelli, ha curato l'edizione delle Opere di Wilhelm Heinrich Wackenroder (2014), con la collaborazione di Federica La Manna e Andrea Benedetti e ha curato con Guglielmo Gabbiadini gli Scritti del primo periodo di Herder (1765-1787), pubblicati per Bompiani nel 2023.