Stefano Coniglio ha conseguito il dottorato in Tecnologie dell'Informazione nel 2011 presso il Politecnico di Milano. È rientrato in Italia nel 2022 prendendo servizio all'Università di Bergamo dopo aver svolto attività di ricerca all'estero per 10 anni (tre e mezzo come ricercatore post-dottorale presso la RWTH Aachen in Germania e sei e mezzo come lecturer e, successivamente, professore associato presso l'Università di Southampton, nel Regno Unito).

I suoi interessi di ricerca gravitano attorno allo sviluppo di algoritmi di ottimizzazione matematica esatti, con particolare attenzione ai problemi di ottimizzazione discreta e bi-livello, nonché allo sviluppo di modelli e algoritmi di machine learning. Il suo lavoro trova applicazione in diverse aree, tra cui la teoria algoritmica dei giochi, le reti di telecomunicazione, la produzione di energia e la data science.

Negli ultimi 10 anni, ha fornito consulenze e supervisionato progetti per aziende tra cui National Grid Plc, UK MetOffice, Airbus, Babcock International, British Telecom e CESI, effettuando visite di ricerca presso università e centri di ricerca come la Carnegie-Mellon University, la Lehigh University, l'Université Paris-Dauphine, l'Università La Sapienza Roma e lo Zuze Institut di Berlino.
Correntemente, é responsabile di unità per il progetto PRIN-PNRR HEXAGON: Highly-specialized EXact Algorithms for Grid Operations at the National level.