Emilio Conte ha conseguito il dottorato di ricerca presso l'Università degli studi di Bergamo nell'a.a. 2018/2019 e presso il medesimo ateneo è stato assegnista di ricerca dall'a.a. 2020/2021 all'a.a. 2022/2023. A partire dall'a.a. 2019/2020 è stato più volte docente a contratto di discipline storico pedagogiche presso il dipartimento di Scienze umane e sociali dell'Università di Bergamo ed è stato tutor del master di I livello "Tecnico superiore per la pedagogia e la metodologia montessoriana nei servizi per l'infanzia (0-6)".

Attualmente, è membro della redazione di <> e della collana editoriale "Thesaurus scholae. Fonti e studi sul patrimonio storico educativo", attivata presso le Edizioni università di Macerata ed emanazione della Società italiana per lo studio del patrimonio storico educativo (Sipse). Da 2023 è socio della Società italiana per lo studio della storia contemporanea (Sissco), dal 2021 è socio del Centro italiano per la ricerca storico educativa (Cirse), dal 2020 è socio junior della Società italiana di pedagogia (Siped), dal 2018 ad oggi Socio della Società italiana per lo studio del patrimonio storico-educativo (Sipse).

Nell’aprile 2023 consegue il Premio Cirse 2022 per la tesi di dottorato, poi edita come monografia, dal titolo "Angelo Giuseppe Roncalli nel rinnovamento missionario", Edizioni dell’Università di Bergamo, Bergamo 2021.